民办教育促进法修订后，民办学校举办者身份或资格的确认、变更、收益及剩余财产的处分等问题仍然会在理论和实践中继续困扰举办者、教育行政机关乃至司法机关。其中虽然有法律、法规缺乏具体操作性规定的原因，更主要的则是各类民办学校法人治理结构存在缺陷。
对于选择登记为营利性的学校，意味着要更强调市场化的资源配置模式、更重视市场经济的基本规律，只有规范自身的法人治理结构，才有可能引起包括资本在内的市场各类资源的重视。此外，对于办学结余、剩余财产的处理，修法中虽然均明确依照公司法的有关规定处理，但在民办教育的公益属性没有变化的前提下，如何对民办学校直接依据公司法进行处理显然难度极大、复杂程度极高，只有尽早健全优化学校自身的法人治理结构，才能改变消极等待各行政层面细化措施出台的被动局面，以更积极的姿态主动适应民办教育发展的新趋势。
对于选择登记为非营利的学校，类似问题同样存在。修法明确此类学校将在土地、税收、财政等方面获得优惠或扶持，也就意味着各行政部门将强化对民办学校的督导和监管。民办学校如果仍不重视自身的治理结构，仍不严格界定举办者私有财产和学校法人财产，幻想着继续循旧路按老办法用“关联交易”等“潜规则”牟利，极有可能引发法律风险甚至牢狱之灾。道理很简单，无论是同行还是监管部门，将来都不会愿意哪个学校的举办者以“非营利”之名行“营利”之实。
从这两个角度，无论未来选择登记为“营利性”还是“非营利性”，民办学校尽早建立科学的法人治理结构都是必要和必需的。具体应如何规范？
首先，举办者应由自然人变更为公司法人。学校举办者的这一身份难以继承，已经有司法判例涉及，举办者基于合作或扩大办学需要吸引合作方加入也存在着极大的法律程序及具体操作的困难……诸如此类的问题，通过专业、合法的设计和调整，将自然人举办者变更为法人举办者，原自然人举办者作为公司法人举办者的股东乃至股东的股东，有利于问题的解决。
其次，学校和举办者应建立合理的控制关系。民办学校和举办公司法人都存在风险承担、利益分享等问题，要确保组织机制、分配机制合理、合法、高效运行，则需要在决策、执行和监督三个问题上建立合理的控制关系。只有合理的控制关系得以完善建立并有效运行，民办学校才能更好地实现自主发展、自我约束，举办者的风险也才有可能通过强力的制度设计后被控制在最小范围。
第三，明晰举办者财产、学校法人财产的界限。作为民办教育的自然人举办者，仍有很多人把学校视为自己的一种私产，存在着公私不分的情况，学校的钱、物举办者可以随意支配使用，同时对于学校运营时需要一些款、物，举办者也会拿自己私人的资金进行投入，此类行为导致举办者和学校的财产界限非常模糊。而无论选择营利还是非营利，只要民办学校具有法人属性，那就意味着学校对登记在其名下的财产拥有完整的产权，并且将受到法律的严格保护。近些年来，一些知名民企的老板、投资人因涉嫌职务侵占、挪用资金等罪名入狱，也意味着对法人财产的保护越发应该引起重视。这就要求在修法实施前尽早对举办者的投入、结余和学校财产进行审计，对举办者、民办学校的财产属性是办学投入、合法分配还是债权债务等性质进行明确界定。
