办法指出，中央高校基本科研业务费（以下简称基本科研业务费）用于支持中央高校开展自主选题研究工作，使用方向包括：重点支持40周岁以下青年教师提升基本科研能力；支持在校优秀学生提升科研创新能力；支持优秀创新团队建设；开展多学科交叉的基础性、支撑性和战略性研究；加强科技基础性工作。
办法强调，基本科研业务费的使用和管理要纳入中央高校财务统一管理，专款专用，资金的使用范围和标准要符合国家有关规定。建立全过程管理制度，注重绩效，提高资金使用效益。办法还强调，基本科研业务费不得开支有工资性收入的人员工资、奖金、津补贴和福利支出；不得购置40万元以上的大型仪器设备；不得分摊学校公共管理和运行费用；不得作为其他项目的配套资金；不得用于偿还贷款、支付罚款、捐赠、赞助、投资等支出；也不得用于按照国家规定不得列支的其他支出。
办法明确，中央高校应当按照国家科研信用制度的有关要求，建立基本科研业务费的科研信用制度，并按照国家统一要求纳入国家科研信用体系。
